在Linux中执行R脚本

#! /usr/bin/env Rscript
library(argparse)

# 创建参数解析对象
parser <- ArgumentParser()

# 设置参数
# 设置第一个参数verbose，缩写为v，其作用是告诉脚本是否打印完整的计算过程，其缺省值为TRUE
parser$add_argument("-v", "--verbose",
    action = "store_true", default = TRUE,
    help = "Print extra output [default]")

# 设置第二个参数quietly，缩写为q，其作用是修改verbose参数，当调用改参数时，verbose被修改为FALSE，从而导致不再打印计算过程
parser$add_argument("-q", "--quietly",
    action = "store_false",
    dest = "verbose",
    help = "Print little output")

# 设置第三个参数count，缩写为c，这是一个整数参数，缺省值5，在后续的代码中被用作确定输出随机数的个数
parser$add_argument("-c", "--count",
    type = "integer", default = 5,
    help = "Number of random normals to generate [default %(default)s]",
    metavar = "number")

# 设置第四个参数generator，无缩写，用于确定调用何种随机分布，缺省值rnorm对应于正态分布
parser$add_argument("--generator", default = "rnorm",
    help = "Function to generate random deviates [default \"%(default)s\"]")

# 设置第五个参数mean，无缩写，浮点数，用于确定正态分布的均值，缺省值为0
parser$add_argument("--mean", default = 0, type = "double",
    help = "Mean if generator == \"rnorm\" [default %(default)s]")

# 设置第六个参数sd，无缩写，浮点数，用于确定正态分布的标准差，缺省值为1
parser$add_argument("--sd", default = 1, type = "double",
    metavar = "standard deviation",
    help = "Standard deviation if generator == \"rnorm\" [default %(default)s]")

# 返回接受的参数列表
args <- parser$args()

# 根据verbose确定是否打印计算过程
if (args$verbose) {
        write("writing some verbose output to standard error...\n", stderr())
}

# 根据其他参数，确定输出随机数的类型与次数
if (args$generator == "rnorm") {
        cat(paste(rnorm(args$count,
               mean = args$mean, sd = args$sd),
               collapse = "\n"))
} else {
        cat(paste(do.call(args$generator, list(args$count)), collapse = "\n"))
}
cat("\n")

#!/usr/bin/env Rscript

suppressPackageStartupMessages(library("argparse"))

parser <- ArgumentParser()

parser$add_argument("-n", "--add_numbers",
    action = "store_true", default=FALSE,
    help = "Print line number at the beginning of each line [default]")
# nargs = 1, 第一个参数为第一个文件
parser$add_argument("file", nargs = 1, help = "File to be displayed")
# nargs = 2, 第二个参数为第二个文件
parser$add_argument("second_file",
     nargs = 1, help = "second file to be displayed")

args <- parser$parse_args()

file <- args$file

if (file.access(file) == -1) {
     stop(sprintf("Specified file ( %s ) does not exist", file))
 } else {
    file_text <- readLines(file)
 }

 if (args$add_numbers) {
     cat(paste(1:length(file_text), file_text), sep = "\n")
 } else {
     cat(file_text, sep = "\n")
 }

second_file <- args$second_file

if(file.access(second_file) == -1) {
     stop(sprintf("Specified file ( %s ) does not exist", second_file))
 } else {
    file_text_second <- readLines(second_file)
 }

 if (args$add_numbers) {
     cat(paste(1:length(file_text_second), file_text_second), sep = "\n")
 } else {
     cat(file_text_second, sep = "\n")
 }

args